С медицинской точки зрения ничего не могу сказать, но вот лично из своего опыта вот что получилось: в течение некоторого периода времени относительно моего здоровья выдвигались подозрения по поводу гастрита и прочих сопутствующих этому проблем. Переход на вегетарианство достаточно скоро избавил меня от каких-либо симптомов. Не могу утверждать, был ли у меня на самом деле гастрит и помогло ли вегетарианство от него избавиться, но то, что мне однозначно стало лучше, это факт. Но все же считаю, что консультации врачей по этому вопросу никогда не будут лишними.  

Я разные случаи встречал, но что бы веганство хоть как-то навредило бы здоровью, вот такого случая на памяти точно не было. Не могу сказать что-то относительно именно гастрита, к любой практике подход должен быть разумным, последовательным. Если сами не ощущаете изменений в худшую сторону, то дерзайте, но постепенно)